晴朗时节，江(🥇)户川柯南(nán )（高山南 配音）和毛利小五郎(láng )（小山力也(🆖) 配(🐉)音(🛤)）、小(xiǎo )兰（山崎和佳奈 配音）以(🎲)及(jí )少年侦探团的伙伴们一同(tóng )来(🔸)到(👑)京(jīng )都，他们即将登上(shàng )自卫(wèi )队的宙(zhòu )(🛹)斯盾战(zhàn )舰，体验一(yī )把出(chū )海作战的(✖)感(🙁)觉(😻)，期间还结(🥀)识了美(😱)丽又有着几分神秘的女自(zì )(🔩)卫队(duì )(🌚)员藤(téng )(🚨)井七(qī )海（柴咲幸 配音）。谁知(zhī )(🥔)快乐的氛(📙)围很(✋)快被恐慌所替代，战舰上突然(⛓)发现一条断(duàn )(⛏)掉的手(👃)臂，消失(🤲)的(de )自(⛳)卫队员又引起军(🎋)方的恐慌与猜(cāi )测。原来某国神秘(mì )(🈁)间谍X已悄悄登(dēng )上宙(zhòu )斯(💍)盾，伺(sì )机盗取战舰上的(⛏)绝密情(🥋)报。
　　为了找出隐(yǐn )藏的对手，柯南(nán )和灰(huī )原哀（(🔤)林原(💏)惠(📸)美 配(pèi )音）、阿笠(lì )博士（绪方(📐)贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以(🔲)及(👛)远(🕕)山和叶（宫村优(yōu )(🔪)子 配音(⏺)）通力(💅)合作，与间(jiān )谍(dié )(💑)展(zhǎn )开(😉)连番(fān )(🚩)斗(dòu )智斗勇的(de )较量……