1999年(⛲)，墜(zhuì )落地球的巨大(🍩)隕(🔼)石(shí )奪去了(le )整個(🕸)海(🛍)洋。與此同時，地球外生(🥈)物(wù )WORM亦開始在(🥩)世界各地(dì )(📿)繁殖(👋)。為了對(❣)抗在(zài )一瞬間支配了(⚫)廣泛地區(👑)的WORM，人類(👁)成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出(😻)幪面(miàn )(🖍)超(🚑)人系統(🕕)，投入(rù )戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰(zhàn )爭中(💱)渡過了七年。
　　2006年，在這個(gè )沙漠化的(de )地球上，部分ZECT的(de )成員因(yīn )(🔤)為不滿(📸)組(🥤)織的束縛(fù )(💸)而結成獨立(lì )(🔞)團(🏴)體(🚲)NEO ZECT，而ZECT亦(📞)開始對這群背叛者(🕕)進行(👗)肅清。就在這時，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現，令(lìng )戰(🔮)局產(chǎn )生極大(dà )變化。
　　ZECT總部得到一(yī )顆(kē )巨(❗)型冰(bīng )塊彗星正(zhèng )在接近(jìn )地球，於是提出(🍏)「天空之梯(tī )(⛄)子(📒)計劃」，於(💽)大(dà )氣(🌄)層(céng )(🔭)的(de )太空站(😫)設置巨型CLOCK UP機器，製造轉移(🥘)空間(🤬)把彗星拉往(🚞)地(dì )(🈲)球，製造出(chū )莫大的水源。透(🏈)過這個(🍩)計劃(📩)，ZECT的權力就會(huì )越(yuè )趨(🏥)龐大，足以支配(😋)地球。
　　ZECT利用(yòng )(💦)連接地球(🚌)和宇(🦋)宙(zhòu )的軌道電梯發(👚)動「天空之梯子計劃(huà )」，而從(cóng )天道手上得知(📊)這項(xiàng )情報的NEO ZECT，亦決定搶奪這(zhè )個計劃，壓抑ZECT繼續增大權力(😓)。
　　為了組織而戰的(de )ZECT戰士大(dà )和(hé )鐵騎與(yǔ )矢車想；
　　為了自由而戰(zhàn )的NEO ZECT戰(zhàn )士織田(tián )秀成和風間(jiān )大介；(♌)
　(🎣)　(🚣)為了最愛的(🕠)日(rì )和而戰的(🤚)加(jiā )賀(hè )美新，還有目(🍪)的(de )(👑)完(🔊)全不明的天(tiān )道(dào )(🐀)總司；
　　以及身份神秘的黃金假面騎士(🍞)。
　　(🌎)在各人思(sī )想交錯的漩渦中(zhōng )，假面騎(🏅)士的(de )戰鬥已延伸(shēn )(🧛)到浩瀚宇宙…